« Une extrême prudence » est recommandée par le pionnier du génome
Alex Harrington
Deepltraduction Josette – article original paru dans Newsweek
Une équipe californienne a utilisé l’intelligence artificielle pour concevoir des génomes viraux avant qu’ils ne soient construits et testés en laboratoire. Ensuite, des bactéries ont été infectées avec succès par plusieurs de ces virus créés par l’IA, prouvant ainsi que les modèles génératifs peuvent créer des gènes fonctionnels.
« La première conception générative de génomes complets. »
C’est ainsi que les chercheurs de l’université de Stanford (⋅) et de l’Arc Institute (*) de Palo Alto ont qualifié les résultats de ces expériences. Jef Boeke (*), biologiste à NYU Langone Health, a salué cette expérience comme une avancée considérable vers la création de formes de vie conçues par l’IA, selon le MIT Technology Review (*).
« Ils ont observé des virus dotés de nouveaux gènes, de gènes tronqués, et même d’ordres et d’arrangements génétiques différents », a déclaré M. Boeke.
Ce qu’ils ont construit
L’équipe a créé 302 génomes complets, définis par leur IA, Evo – un LLM similaire à celui de ChatGPT – et les a introduits dans des systèmes de test E. coli. Seize de ces conceptions ont donné naissance à des bactériophages efficaces, capables de se répliquer et de tuer les bactéries.
Brian Hie (*), qui dirige le laboratoire Arc Institute, s’est remémoré le moment où les plaques ont révélé des zones dégagées où les bactéries étaient mortes. « C’était assez frappant de voir cette sphère générée par l’IA », a déclaré M. Hie.
Comment les modèles ont été générés
L’équipe a ciblé le bactériophage phiX174, un phage à ADN minimal comprenant environ 5 000 bases réparties sur 11 gènes. Environ 2 millions de bactériophages ont été utilisés pour entraîner le modèle d’IA, lui permettant de comprendre les schémas de leur composition et l’ordre de leurs gènes. Il a ensuite proposé de nouveaux génomes complets.
Pourquoi c’est important
J. Craig Venter (*) a contribué à la création des cellules dotées de ces génomes synthétiques. Il considérait cette approche comme « une version plus rapide des expériences par essais et erreurs. »
« Nous avons utilisé la version manuelle de l’IA : nous avons passé au crible la littérature scientifique et rassemblé les connaissances existantes », explique-t-il.
La rapidité est ici l’atout majeur. Les prédictions de l’IA sur la structure des protéines pourraient certainement accélérer les processus de développement de médicaments et de biotechnologies. Les résultats pourraient ensuite être utilisés pour lutter contre les infections bactériennes, par exemple dans l’agriculture ou même dans la thérapie génique.
Samuel King, un étudiant qui a dirigé le projet, a déclaré : « Cette technologie a sans aucun doute un énorme potentiel. »
L’équipe a exclu les virus infectant l’homme de la formation de l’IA, mais les tests dans ce domaine pourraient tout de même être dangereux, prévient Venter.
« Je recommande la plus grande prudence dans le domaine de la recherche sur l’amélioration virale, en particulier lorsqu’elle est aléatoire et que l’on ne sait pas ce que l’on obtient. Si quelqu’un faisait cela avec la variole ou l’anthrax, je serais très inquiet. »
J. Craig Venter
Cette idée soulève d’autres questions. Passer d’un phage « simple » à quelque chose de plus complexe comme une bactérie est tout simplement impossible pour l’IA à l’heure actuelle.
« La complexité passerait de stupéfiante à… bien supérieure au nombre de particules subatomiques dans l’univers », explique Boeke.
Malgré les défis que pose ce test, le résultat est extrêmement impressionnant et pourrait influencer l’avenir du génie génétique.
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